În septembrie 1996, într-o uzină complet nouă, intră în fabricaţie Octavia Liftback, un model complet nou din clase mijlocie (varianta break avea să fie lansată în 1998).

Succesorul modelului Felicia, Škoda Fabia, a fost introdus în 1999. La început, Fabia a beneficiat de motoare de 1,4 MPI/50 kW, 1,4 16V/74 kW şi 1,9 SDI/47 kW, astăzi gama de motoare fiind incomparabil mai mare.

În perioada 1997-2005 au fost produse peste 4000 de automobile Felicia Fun, un model bazat pe varianta pick-up şi destinat petrecerii timpului liber.