Furono presentate altre versioni per la carrozzeria della Fabia; la Fabia station-wagon fu presentata per la prima volta nel 2000 (la versione berlina nel 2001).

Nel 2001 Škoda espanse il programma di produzione aggiungendo una terza gamma di modelli:.
presso gli stabilimenti di produzione di Kvasiny fu avviata la produzione dell'ammiraglia, la Superb berlina.

L’erede della Octavia fece la sua comparsa nel 2004. La nuova Škoda Octavia, fabbricata nelle versioni berlina e station wagon (e anche 4x4), è il modello più moderno del programma di produzione del marchio. Dalla fine del 2005 è entrata in produzione anche la versione sportiva RS.
Grazie alle sue qualità, la nuova Octavia ha ottenuto diversi riconoscimenti internazionali, compreso il prestigioso titolo di Auto dell'anno in diversi Paesi europei.