Nel settembre 1996 fu avviata la produzione della Octavia berlina, un veicolo della classe media completamente nuovo (la versione station wagon fu presentata nel 1998).

Il successore della Felicia fu introdotto nel 1999: era la Škoda Fabia, un modello compatto.
All'inizio la Fabia era dotata di motori da 1.4 MPI/50 kW, 1.4 16V/74 kW e 1.9 SDI/47 kW; oggi la gamma di motori è notevolmente più ampia.

Negli anni compresi tra il 1997 e il 2000 furono prodotte più di 4000 Felicia Fun, vetture per il tempo libero basate sul modello pick-up.