I primi prototipi di una vettura completamente nuova furono creati già nel 1956, e furono presentati sul mercato nel 1964 con la Škoda 1000 MB. A Mladá Boleslav, nei pressi della fabbrica originale, fu anche costruito un nuovo stabilimento per la loro produzione.

La nuova Škoda era dotata di un motore a quattro cilindri raffreddato a liquido, con una cilindrata di 988 cc e 45 CV, montato nella parte posteriore di una struttura a carrozzeria portante. La Škoda 1000 MBG berlina e la Škoda 1000 MBX due porte (dotata di motore con maggiore compressione, carburatori doppi e 49 CV) erano variazioni del modello di base.

La linea "MB" veniva continuamente migliorata; nel 1967, alla linea vennero aggiunte la Škoda 1100 MB e la 1100 MBX con motore da 1107 cc.