Появяват се нови версии на купето на Фабия; световната премиера на Фабия Комби е през 2000 г. (а на седан през 2001г.).

През 2001 г. Шкода разширява производствената си програма с трета серия модели; производството на най-големия модел, луксозната лимузина Супърб,  започва в нов завод в Квасини.

Наследникът на модела Октавия е окончателно готов през 2004 г. Новата Шкода Октавия, версии лифтбек и комби (също и 4х4), е най-моделния автомобил от производствената програма на своята марка. А в края на 2005 г. е представена и спортната версия RS.

Благодарение на своите безспорни качества, Новата Октавия завоюва множество международни награди, включително престижната титла “Автомобил на 2005 година” в няколко Европейски страни, в т.ч. и в България.