Първият прототип на съвършено нов автомобил е създаден в ранната 1956 г. и е представен на публиката като Шкода 1000 МВ през 1964 г. За нейното производство е построен и нов завод в Млада Болеслав, близо до настоящия.

Новата Шкода има 4-цилиндров двигател с водно охлаждане, с обем от 988 куб.см. и мощност 45 к.с., поставен в задната част на автомобила.  Шкода 1000 MBG, модификация седан и моделът с две врати Шкода 1000 MBX (с двукарбораторен двигател с по-висока компресия и мощност от 49 к.с.), са вариации на базисния модел.

Моделите МВ също се подобряват; през 1967 г. към асортимента са добавени Шкода 1100 МВ и Шкода 1100 МВХ с обем на двигателя от 1107 куб.см.